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長江三峽，考古學家掘出龐然巨物，手工奇劣，一看竟是麥子仲肥又一廢物出土！麥子，名兜，字仲肥，是我國一位喫飽撐的思想家、發明家。正當大家不知如何處置這大而無當之物，一位懷疑是麥子十八代後人的小朋友，麥兜（郭君彥/張正中 配音），正與媽媽麥太（吳君如/宋丹丹 配音）一起在香港發呆。
麥兜很慢，很乖，很鈍，被評定爲多元低智能。麥太也好不了多少，半輩子亂衝亂撲，卻都在撲空。爲了自己，爲了麥兜，麥太決定帶麥兜來內地闖天下。到了武漢，麥太忍痛先把麥兜送到山上一武術學校“太乙春花門”寄宿。山上生活清苦，掌門道長（黃秋生/張立昆 配音）呆頭呆腦。麥兜無心習武，最大的樂趣是跟小同學偷入煉丹房煮方便麪；值得慶幸的是，麥兜的身邊還有一位可親的助教“熊寶弟弟”，不時照顧麥兜。
“世界幼兒園武術大賽”即將舉行，“太乙春花門”小朋友軟手軟腳，看來只有捱揍的份兒。“國際幼兒園武術大賽”，麥兜迎戰各地好打小朋友。這時，麥兜祖宗麥仲肥的巨物突然當、當、當的響起。原來這是個一年等於一秒，每三千六百年才報一次時的大鐘…大成若缺，大器晚成。麥兜忽然領悟出太極拳，以至自己生命的道理……
